Pius X. stellte ihn im Jahr 1908 als Generaloberen an die Spitze des Mailänder Missionsseminars. Im Jahr 1913 machte ihn der heilige Papst, dessen Vertrauen er genoss, zusätzlich zum Weihbischof von Tortona (Piemont).
Er hatte als Missionar viel erreicht, und doch beschäftigte Msgr. Viganò sein anderer großer Wunsch, der Eintritt in die Gesellschaft Jesu, den Papst Benedikt XV. nach wiederholten Bitten ihm schließlich gewährte. Am 20. Juni 1917 wurde der ehemalige Bischof von Hyderabad, der frühere Generalobere des Mailänder Missionsseminars, der Weihbischof von Tortona schließlich in Chieri in das Noviziat der Jesuiten aufgenommen.
Der 60-jährige machte alle Übungen des Noviziats mit und meldete sich bald für die Mission unter den Aussätzigen von Culión auf den Philippinen. Über Spanien, wo er in Manresa das Spanische lernte und am 21. Juni 1919 seine Ordensgelübde ablegte, reiste er schließlich nach Südostasien. Aus Culión berichtete er: „Unser Leben hier verbringen wir fast ständig inmitten der zahlreichen Aussätzigen auf der Insel (gegenwärtig 5000). Irdische Tröstungen gibt es wenig … aber je weniger irdische, desto mehr göttliche …. Vor den Aussätzigen habe ich weder Widerstreben noch Furcht, ich fühle im Gegenteil eine unbegrenzte Liebe zu ihnen …. Und wenn Gott wollte, dass ich angesteckt würde, so könnte das nur meine Dienstleistungen bei den Aussätzigen erleichtern, da ich nicht mehr so viele Vorsichtsmaßregeln anwenden müsste.“
Da er sich tatsächlich infizierte, musste er auf Geheiß der Oberen zunächst in die Hauptstation der Mission und anschließend nach Europa zurückkehren, wo er in Rom noch vier Monate lang seine Besucher durch seine Heiterkeit und sein Verlangen nach dem Himmel erbaute. P. Viganò S.J. starb am 13. Februar 1922, nachdem er seinen Lebenstraum erfüllt hatte: Missionar UND Jesuit.
(Quelle: Jesuitenkalender 1923)
